Сведения о жизни Фараби скудны. Часть сведений о Фараби, как и о других выдающихся исторических личностях, является легендарными. Достоверно известны только годы смерти Фараби и его переезда в Дамаск, остальные даты приблизительны. Такая ситуация вызвана тем, что доступные источники, содержащие биографические сведения о Фараби, были созданы достаточно поздно, в XII—XIII веках. Среди биографов Фараби можно указать Позднейшие авторы опираются на биографические сведения, сообщённые в работах указанных авторов. Существуют упоминания более ранней биографии Фараби, приведённой в справочном труде о великих мудрецах прошлого, составленного Абу Саидом ибн Ахмадом, автором XI века, но этот труд не дошёл до нашего времени, и известен только по цитатам и ссылкам в других источниках.
Для однозначного определения этнической принадлежности Фараби имеющихся фактов недостаточно[5].
Считается, что Фараби родился в местности Фараб (совр. Отрар, Южный Казахстан), там где река Арыс впадает в Сырдарью[6]. Современник Фараби, Ибн Хаукал, указывал, что к числу городов Фарабского округа принадлежит Весидж, из которого происходит Абу-Наср аль Фараби.
Предполагают, что первоначальное образование Фараби получил на родине. Существуют сведения о том, что до своего отъезда из Средней Азии Фараби побывал в Шаше (Ташкент), Самарканде и Бухаре, где некоторое время учился и работал[7][8].
Продолжать образование философ отправился в Багдад, столицу и культурный центр Арабского халифата. По пути он побывал во многих городах Ирана: Исфахане, Хамадане, Рее (Тегеран). В Багдаде Фараби поселился во время правления халифа ал-Муктадира (908—932) и приступил к изучению различных отраслей науки и языков. Относительно имён учителей Фараби не наблюдается согласия. Известно, что он изучал медицину, логику и греческий язык.
Багдад был Меккой для интеллектуалов того времени. Именно здесь работала знаменитая школа переводчиков, в которой значительную роль играли несториане. Они переводили и комментировали произведения Платона, Аристотеля, Галена, Эвклида. Шёл параллельный процесс освоения культурных достижений Индии. Такая работа стимулировала и самостоятельную творческую активность. Наставниками Аль-Фараби в Багдаде оказались Юханна ибн Хайлан и знаменитый переводчик античных текстов на арабский язык Абу Бишр Матта. О Юханне ибн Хайлане, по сообщению Усейбиа, Аль-Фараби рассказывал как о человеке, который был приобщен к живой традиции передачи наследия Аристотеля от учителя к ученикам через целый ряд поколений. Абу Бишр Матта преподавал логику. Но, как говорят средневековые источники, ученик довольно быстро превзошёл учителя. Следует отметить одно обстоятельство из годов учения Аль-Фараби в Багдаде: он получил возможность ознакомления со «Второй Аналитикой» Аристотеля, которую теологически настроенные несториане пытались «прикрыть», поскольку там развивались теоретико-познавательные взгляды, не оставлявшие места для религиозного откровения.
Вскоре Фараби стал известным учёным. В 941 году Фараби перебирается в Дамаск, где проводит оставшуюся часть жизни, занимаясь научной работой. В Дамаске Фараби завершает начатый ранее «Трактат о добродетельном городе». Очевидно, что в первые годы жизнь Фараби в Дамаске не была легкой. В литературе существуют рассказы, что он был вынужден работать садовым сторожем, а научной деятельностью занимался лишь по ночам, при свете купленной на заработанные днем деньги свечи. Однако вскоре он находит покровителя — халебского правителя Сайф ад-Даула Али Хамдани (943—967), который покровительствовал передовым людям своего времени, в частности поэтам из различных стран Востока, в числе которых Абу Фирас, Абул Аббас ан-Нами, Абул Фарадж ал-Вава, Абул Фатх Кушуджим, ан-Наши, ар-Раффи, Ибн Нубата, ар-Раки, Абдуллах ибн Халавейхи, Абу-т-Тайиб ал-Лугави ал-Фариса и др. Впрочем, придворным учёным Фараби не стал и не перебрался в Халеб, лишь приезжал туда из Дамаска. В 949—950 Фараби побывал в Египте.
Существуют две версии смерти Фараби. Согласно первой версии, он умер естественной смертью в Дамаске, согласно второй — убит грабителями при поездке в Аскалан[9]. Также известно, что Фараби был похоронен без участия духовенства[10]. В то же время отдельные мусульманские авторы стремятся показать Фараби правоверным мусульманином[11].