Потому что при первой встрече, Гринев проявляет милость к "прайдохе" -- Пугачеву, отдавая ему свой тулуп, в занак благодарности за верно указанный путь, а при второй "император", (Пугачев, выдававший себя за Петра III) проявляет милость, помня подарок Гринева, и велит не казнить его. А ещё потому что каждый, помогая друг другу, остался при своем мнении.