Все очень просто. Вот бактерия. Вот она попала в какие - то особые природные условия. И если не сдохла, то окружающий мир ее видоизменял (Калечил) или она стала меньше чем - то пользоваться, и больше другим. В итоге это отложилось в ее наборе ДНК, в ядре, и при делении появляются несколько другие бактерии, с учетом предыдущего опыта материнской.