Атом не имеет никакого заряда он нейтральный, а ион имеет либо положительный либо отрицательный заряд это значит что на внешнем энергетическом уровне появился или убежал один или больше электронов, например возьмем атом натрия его электронная формула 1S2 2S2 2P6 3S1, а после взаимодействия с каким нибудь другим элементом он забрал себе к примеру 1 электрон. теперь нет баланса, в смысле было 11 протонов со знаком+ и 11 электронов со знаком -, легкая математика дает понять что +11-11=0, поэтому атом нейтрален и не имеет заряда, а теперь он взял один электрон и теперь +11-12=-1, значит теперь атом превратился в отрицательный ион, то есть со знаком -.
надеюсь все понятно объяснила, сама по такой схеме работаю)