Город расположен на Приневской низменности.
Высота города над уровнем моря: для центральных районов — 1—5 м, периферийных районов (север) — 5—30 м, периферийных районов (юг и юго-запад) — 5—22 м. Самое высокое место в черте города — район Красного Села (70—110 м) с Вороньей горой (176 м).