В реках и пресноводных водоемах обитает около 20 видов рыб. Немногочисленные пресноводные рыбы имеют в основном эфиопское происхождение. Окружающие Мадагаскар теплые воды Индийского океана богаты различными видами промысловых рыб.ЛатимерияКистеперая рыба латимерия (целикант)- Latimeria chalumnae, обитающая у восточного и южного побережья Африки, изредка встречается в Мозамбикском проливе. Современные целаканты являются одними из редчайших живых существ, которые практически не изменились на протяжении 400 миллионов лет. В то время, как близкие родственники целакантов стали предшественниками всех наземных позвоночных, этот ряд развил анатомические структуры, которые не встречаются больше у ни одной другой группы животных. Например, вместо характерного для всех позвоночных твердого позвоночника у целакантов имеется толстостенная эластичная трубка, которая так же далека от общей предшествующей нотохорды, как и позвоночник всех других позвоночных, но развитие этой структуры происходило в абсолютно другом направлении. Вместо сплошного черепа целаканты обладают специфической мозговой коробкой, состоящей из двух частей, которые сочленяются внутренним суставом, укрепленным базикраниальной мышцей. Целаканты являются единственными ныне живущими существами с таким строением черепа.
Бабочка мадагаскарскаяБабочка мадагаскарская - Chaetodon madagascariensis - У нее сильно сжатое с боков тело и выдающееся вперед трубчатое рыло. Спинной и анальный плавники хорошо развиты. В естественных условиях этот вид питается червями и беспозвоночными коралловых рифов.