Монастырь основан в первой половине XV века преподобным Макарием Желтоводским и Унженским. Желтоводским назван по Жёлтому озеру, на берегу которого святой Макарий основал обитель. Волга, меняя своё русло, со временем поглотила озеро, и монастырь оказался на волжском берегу.
Престол центрального собора освящён в честь Святой Троицы, поэтому монастырь именуется Троицким.
В 1439 году сожжён ханом Улу-Мухаммедом, монахи, самовольно заселившие чужой участок, убиты, а Св. Макарий был уведён в плен. Казанский хан Улу-Махмет обратил особое внимание на благообразного игумена. Приведшие пленника рассказывали: «Это муж кроткий; ни словом, ни делом не причинил никому зла не только из своих, но даже из наших единоплеменников, на наших землях не селился, самовольно не брал». Тогда хан с гневом закричал на военачальников: «Для чего вы оскорбили такого доброго мужа, не спорившего с вами, и разорили его жилище? Или не знаете, что за таких кротких людей может прогневаться Сам Аллах, Который есть Один над всеми?» Сказав это, Улу-Махмет приказал освободить невинного страдальца. Получив свободу, преподобный Макарий попросил отпустить на волю и других узников. 400[2] мужчин и несколько женщин с детьми были освобождены от оков.
Возвращаясь на родину, путники остановились на правом берегу устья реки Свияги. Место это святой Макарий выбрал не только для трехдневного отдыха, но и для устройства на нём монастыря. Оно находится на возвышенности, с трех сторон защищено от ветров горой, как бы высоким земляным валом. Источники родниковой воды в изобилии орошают землю, освященную молитвою преподобного отца.
Но казанский хан запретил оставаться им на его территории, и странникам пришлось искать другого пристанища. Наконец они, достигнув пределов Галичской земли, остановились в городе Унже. Местные жители с радостью приняли преподобного Макария, почитанием и заботой окружили его. Но ищущий прежде всего Царства Божия (Мф. 6, 33) великий подвижник удалился из города. В 15 верстах от него на возвышенном пустынном месте, на правом берегу реки Унжи святой Макарий устроил себе келью. Так был создан новый Желтоводский Макарьево-Унженский монастырь. И опять к любвеобильному отцу потянулись жаждущие монашеской жизни. В скором времени была устроена обитель, но недолго иноки могли наслаждаться богомудрыми речами и жизнью святого старца. На 95-м году жизни 25 июля 1444 года преподобный Макарий отошёл ко Господу. Умирая, святой заповедал духовным чадам «в память избавления своего от рабства агарянского» устроить монастырь на берегу устья реки Свияги, на том месте, которое он сам выбрал и освятил молитвой. Но иноки не могли в то же время исполнить это завещание…