Причиной роспуска II Думы послужила невозможность наладить конструктивное взаимодействие между правительством, возглавляемым премьер-министром П. А. Столыпиным, и Думой, значительную часть которой составляли представители крайних левых партий (социал-демократы, социалисты-революционеры, народные социалисты) и примыкавшие к ним трудовики. II Дума, открывшаяся 20 февраля 1907 года, имела не менее оппозиционное настроение, чем ранее распущенная I Дума. Дума проявила тенденцию к отклонению всех правительственных законопроектов и бюджета, а законопроекты, предлагавшиеся Думой, заведомо не могли быть утверждены Государственным Советом и императором. Сложившаяся ситуация представляла собой конституционный кризис — Основные государственные законы (фактически конституция России) позволяли императору в любой момент распустить Думу, но он был обязан созвать новую Думу и не мог без её согласия изменить избирательный закон; но при этом следующая Дума, предположительно, не отличалась бы по оппозиционности от распущенной.
Правительство нашло выход из кризиса в одновременном роспуске Думы и изменении избирательного закона для выборов в следующую Думу. Предлогом для роспуска послужило посещение социал-демократических депутатов Думы делегацией солдат петербургского гарнизона, передавших им «солдатский наказ». П. А. Столыпин использовал это незначительное событие для того, чтобы 1 июня 1907 года, представляя данный эпизод в виде развёрнутого заговора против государственного строя, потребовать от Думы отстранения от участия в заседаниях 55 депутатов социал-демократической фракции и снятия депутатской неприкосновенности с шестнадцати из них. Дума, не дав немедленный ответ правительству, учредила особую комиссию, заключение которой должно было быть оглашено 4 июня. Не дожидаясь ответа Думы, Николай II 3 июня распустил Думу, опубликовал изменённый избирательный закон и назначил выборы в новую Думу, которая должна была собраться 1 ноября 1907 года. II Дума просуществовала 103 дня.
Роспуск Думы был прерогативой императора, но одновременное изменение избирательного закона являлось нарушением требований статьи 87 Основных государственных законов, по которым избирательный закон мог быть изменён только при согласии Государственной Думы и Государственного Совета; по этой причине данные события получили известность как «третьеиюньский переворот».
Избирательный закон был изменён таким образом, что круг избирателей значительно сузился, а избиратели с высоким имущественным цензом (землевладельцы и горожане высшего ценза, то есть преимущественно домовладельцы) получили фактический контроль над выборами на большинство парламентских мест. Большинство в III Думе перешло к проправительственным фракциям — октябристской и националистической, позиции левых партий были существенно подорваны. Новая Дума сумела наладить конструктивную законодательную работу в контакте с правительством. В то же время новый избирательный закон поколебал представления населения о том, что депутаты Думы являются его представителями.
Роспуск II Думы совпал по времени с заметным ослаблением забастовочного движения, аграрных волнений. В стране наступило относительное спокойствие. 3 июня принято считать последним днём Первой русской революции.
В 1911—1913 годах достоянием общественности стали сведения о том, что написание «солдатского наказа» и организация визита солдатской делегации к социал-демократическим депутатам происходили при активном участии внедрённых в петербургскую Военную организацию РСДРП агентов Охранного отделения. Вопрос о том, была ли ситуация с «солдатским наказом» организована по приказу П. А. Столыпина или по собственной инициативе полиции, или же полицейские информаторы донесли властям о происходящих событиях, остаётся по сей день нерешённым.