Экосистемы отличаются своей продуктивностью, которая, прежде всего, зависит от их географического положения на поверхности Земного шара. Самыми продуктивными биомами суши являются влажные тропические леса, а Мирового океана — коралловые рифы. Именно в этих экосистемах больше всего производится и транспортируется органического вещества за единицу времени. Высокий потенциал этих экосистем объясняется их близким расположением к экватору — здесь самая большая солнечная радиация и постоянно высокая температура, следовательно, биохимические реакции в клетках проходят очень быстро, а фотосинтез осуществляется в течение всего года.
Биоценозы могут отличаться своей продуктивностью и в пределах одного биома. Многоярусные зрелые экосистемы, в состав которых входит большое количество видов организмов, занимающих разнообразные экологические ниши, более продуктивны, чем одноярусные с бедным видовым составом. Однако самыми продуктивными и богатыми в видовом отношении являются сообщества организмов на границах двух биомов (например, зон широколиственного леса и степи), ландшафтов (леса и поля), сред обитания (морской и пресноводной). Это связано с тем, что такие места населены очень густо. Здесь встречаются как виды, приуроченные к каждому из типов экосистем, так и организмы, обитающие только в таких приграничных местах. Повышение видового разнообразия и продуктивности в пограничных пространствах часто называют «эффектом опушки», а такие места — экотонами (от греч. оикос— жилище и тонос — напряжение). Они имеют специфическую структуру и чрезвычайно важны для сохранения видового и биологического разнообразия
Экотоны — не только опушки лесов, но и поймы рек, морские побережья и лиманы — места, где сталкивается пресная речная и солёная морская вода. На таких опреснённых участках обитают морские, проходные и даже пресноводные рыбы. Самым большим экотоном Украины является Азовское море. Этот водоём правильнее называть не морем, а огромным лиманом Дона. Не случайно древние греки называли его Мейотийским болотом.
Экосистемы отличаются своей продуктивностью. Самыми продуктивными являются тропические экосистемы, а также пограничные сообщества организмов в экотонах — переходных зонах между разными экосистемами, ландшафтами или средами обитания.