Исторически на территории современного Кыргызстана с древнейших времен проживали индоевропейские племена — скифы, именуемые так же саки. В начале нашей эры (примерно в 5 веке) на территорию современной Киргизии с востока (Синьцзян) мигрировали усуни, которых сменили эфталиты («белые гунны»), а затем сасаниды. В раннем Средневековье территорию современной Киргизии, по видимому уничтожив коренное население, оккупировали пришедшие из Монголии тюрки. В VII веке территория современной Киргизии вошла в Западно-тюркский каганат, а в VIII веке — в тюркский Карлукский каганат. В XII веке города Узген (старейший город на территории современной Киргизии) и Баласагун становятся центрами государства Караханидов, на смену которому приходит Каракитайское ханство.
До появления на территории современного Кыргызстана человека разумного ее населяли неандертальцы, следы пребывания которых обнаружены на горе Боз-Бармак (в районе озера Иссык-Куль). Примерно 5-10 тыс. лет назад на берегах Иссык-Куля появились мезолитические охотники, которые разрисовали стены пещеры Ак-Чункур красной охрой, изображая сцены охоты и танцев.
В XIII веке земли современной Киргизии были завоёваны Монгольской империей и вошли в её Чагатайский улус, из которого в 1347 году выделился полукочевой Моголистан, где гегемония принадлежала дулатам.
Первые государственные образования на территории современной Киргизии возникли во втором веке до н. э., когда южные земледельческие районы страны вошли в состав государства Паркан. В IV—III вв. до нашей эры предки киргизов входили в мощные племенные союзы центральноазиатских кочевников, которые весьма серьёзно тревожили Китай. Именно тогда началось строительство Великой Китайской стены. В II—I вв. до нашей эры часть кыргызских племен ушла из-под власти гуннов (Хунну) на Енисей. Именно здесь они образовали первое свое государство Кыргызский каганат. Он явился центром консолидации енисейских кыргызов, формирования их культуры. Здесь возникло первое древнетюркское руническое письмо. Рунические надписи сохранились на каменных памятниках. Разрушение государства под ударами завоевателей привело к утрате письменности. Беспрецедентный по объему эпос «Манас» — сохранившаяся в устной передаче энциклопедия, вобравшая в себя события истории, сведения об обществе, обычаях и быте киргизов.