Василий II ликвидировал почти все мелкие уделы внутри Московского княжества, укрепил великокняжескую власть. В результате ряда походов в 1441—1460 усилилась зависимость от Москвы Суздальско-Нижегородского княжества, Новгородской земли, Пскова и Вятской земли. По приказу Василия II митрополитом был избран русский епископ Иона (1448 год). Его посвятил в митрополиты не константинопольский патриарх, а собор русских архиереев, что стало началом независимости русской церкви от константинопольского патриархата.
За несколько дней до кончины он приказал казнить детей боярских боровского князя Василия, заподозренных в заговоре.
Василий II был болен сухотной болезнью (туберкулёзом). Он велел лечить себя обычным в то время способом: по нескольку раз зажигать на разных частях тела трут. Это, естественно, не помогло, а в местах многочисленных ожогов развилась гангрена и он в марте 1462 года скончался.
Завещание князя писал дьяк Василий по прозвищу Беда.