Объясню только про животных.
Близкородственное скрещивание называется инбридинг.Скрещивают для того чтобы выводить наиболее сильных особей ,чтобы были чистые линии,для закрепления определённых признаков которые нужны человеку.Так же инбридинг используют для того чтобы перевести особей в гомозиготное состояние