Создание Бухарского ханства связывают с приходом к власти династии Шейбанидов в 1500 году, когда их лидер Шейбани-хан включил в состав своего государства владения тимуридов Мавераннахр и Великий Хорасан. Однако на самом деле столицей его государства оставался Самарканд. Лишь после прихода к власти его племянника Убайдулла-хана, в 1533 году столица была перенесена в Бухару. Со второй четверти XVI века государство стало именоваться Бухарским ханством.