В 1529 году между кантонами возник первый конфликт. Поводом его был арест в Швице цюрихского священника Якоба Кайзера, который был сожжён несмотря на протесты Цюриха. В ответ Цюрих и Берн выдвинули свои силы к Каппелю. Однако при посредничестве других кантонов между противоборствующими сторонами был заключён мир, по условиям которого протестантские кантоны являлись победившей стороной и получали значительную денежную компенсацию. Так называемая первая Каппельская война закончилась, так и не начавшись.
Однако стороны продолжали активно готовиться к новой войне. Тогда как католические кантоны заручились поддержкой эрцгерцога Австрии Фердинанда, Цвингли искал поддержки у протестантских князей Германии. Для этого он обратился к Филиппу Гессенскому. Тот предложил Цвингли встретиться с Лютером, что произошло в городе Марбург. Однако итоги диспута оказались далеко не теми, что ожидал Цвингли — Лютер отказался признать в нём единоверца, в результате чего швейцарцы не получили помощи из Германии.
В 1531 году назрела новая конфронтация между «христианским союзом городов» и лесными кантонами. Однако Берн отказался от решительных действий, выступая за блокаду католических кантонов. Да и в самом Цюрихе желающих участвовать в военных действиях было не так уж и много. В результате цюрихское войско оказалось намного меньше, чем ожидалось. У католиков войско было примерно в 4 раза больше. В результате 11 октября 1531 года цюрихский отряд был разгромлен превосходящими силами противника, при этом на поле осталось около 80 католиков и 500 цюрихцев, среди которых был и сам Цвингли. На следующий день его тело опознали, тут же был организован суд, по итогам которого труп Цвингли был сперва четвертован, затем сожжён, а пепел смешан с пеплом свиньи и рассеян по ветру.
20 ноября 1531 года был заключён второй мирный договор, в результате которого реформаты потеряли все плоды своей первой победы. Католицизм был насильственно водворён в некоторых спорных территориях. О проведении Реформации в других кантонах не могло быть и речи.