Воздух Калининградской области загрязнён неравномерно. Наиболее сильное загрязнение атмосферы наблюдается в таких промышленно развитых городах, как Калининград, Балтийск, Неман, Советск, Светлый и Черняховск. Ежегодные выбросы с промышленных предприятий в атмосферу Калининграда, Советска, Немана, Черняховска, Светлого и Гусева составляют более 2000 тонн в год.
На первом месте по степени загрязнённости воздуха находится Балтийск. Выбросы твёрдых взвешенных частиц в атмосферу этого города составляют 36% от общего объёма загрязнения; «вклад» газообразных выбросов – 64%. Последние отравляют воздух в результате функционирования порта, судоремонтных мастерских, собственно судов, котельных, а также в результате увеличения числа автомобилей.
Атмосфера Светлогорской зоны, где располагаются Пионерский порт и Янтарный комбинат, на 15% загрязняется твёрдыми выбросами и на 85% - газообразными. Малый «вклад» взвешенных частиц не удивителен, ведь здесь очень немного котельных, функционирующих на твёрдом топливе, и домов с печным отоплением.
Однако воздух Калининградской области отравляется не только вредными выбросами собственных промышленных предприятий и выхлопами автотранспорта, но и в результате занесения загрязняющих веществ из соседних государств. Внешние источники загрязняют атмосферу Калининградской области в 6 раз сильнее, чем внутренние. Среди вредных веществ, поступающих в атмосферный воздух региона из соседних стран, наибольшую концентрацию составляют соединения серы и окисленного азота.