Пять тысяч из пятидесяти тысяч какой падеж
падеж именно чего?
Родительный(нет пятидесяти тысяч)
Если нужен падеж "пятидесяти тысяч", то это Родительный Пять тысяч из(кого, чего?) пятидесяти тысяч "пять тысяч" это Именительный падеж