В горах, с высотой 600 м полупустыня сменяется поясом сухих полынно-ковыльно-типчаковых степей на каштановых почвах; на высотах 800—1700 м луга на чернозёмовидных горных почвах и лиственные леса паркового типа; с высотой 1500—1700 м — пояссубальпийских лугов в сочетании с хвойными лесами (тянь-шаньская ель,пихта, арча) на горнолуговых почвах; выше 2800 м — низкотравные альпийские луга и кустарники на горнотундровых почвах.
В пустынях много грызунов: песчанки,полёвки, заяц-толай; копытные: антилопа джейран, косуля; хищники: волк, лисица,барсук. В дельте Или — кабан, здесь же акклиматизирована ондатра. Характерны из пресмыкающихся змеи, черепахи,ящерицы, из беспозвоночных фаланги,каракурт. В горах встречаются снежный барс, рысь. В озере Балхаш и реках Или,Каратал, Коксу и др. водятся сазан,маринка, окунь, шип, лещ, сом, форель и др. В Заилийском Алатау созданАлматинский заповедник.