Рыбы: 3 вида (гольц Штрауха, голый и чешуйчатый осман).
Земноводные: 2 вида (зеленая жаба и озерная лягушка).
Пресмыкающиеся: 6 видов (ящерица алайский гологлаз, змеи - щитомордник, узорчатый полоз, степная гадюка, обыкновенный и водяной уж)
Птицы: 172 вида. Синяя птица, обыкновенная и бурая оляпка, кулик, маскированные и горные трясогузки, перепел, коростель, чекан, горный конек, гималайскй вьюрок, горлица, кукушка, ушастая сова, деряба, черный дрозд, большая синица, сорока, сыч, ястребиная сова, крапивник кедровка, голубь, московка, пищуха, галка и др. Краснокнижные: беркут, бородач, кумай, черный аист, орел-карлик, шахин, серпоклюв, синяя птица, филин.
Млекопитающие: 72 вида. Среди них: каменная куница, мышевидные грызуны, белка-телеутка, серые сурки, лесная соня, зайцы-толаи, барсуки, косули, маралы, медведи, рысь, снежные барсы и др.