Можно ехать на поезде, можно ехать в поезде или приехать поездом. Зависит от контекста)))
Так же как можно ехать на машине, в машине... прилететь на самолете, лететь в самолете.
Что бы доехать до ...мне нужно ехать на поезде.
Ехать поездом не удобно,трясет кишки.
До воркуты нужно ехать поездом.
Проще ехать в поезде чем бежать по шпалам.