Возникновение эукариот — это следуюший важнейший рубеж в эволюции организмов после возникновения фотосинтеза. Имеются две основные точки зрения на проблему происхождения эукариотической клетки и соответственно эукариот как одной из высших таксономических групп. Первая из них — так называемая аутогенная концепция — предполагает постепенную дифференциацию прокариотической клетки, в ходе которой развился мембранный комплекс. Сначала могла возникнуть наружная клеточная мембрана, затем ее локальные впячивания внутрь клетки образовали внутриклеточные мембраны и органеллы.
Вторая точка зрения (концепция симбиогенеза) получила широкую известность после работ Л. Маргулис, в 1967— 1971 гг. обосновавшей гипотезу о возникновении эукариотической клетки из симбиоза разных прокариот: крупной клетки — хозяина — и более мелких организмов, поселившихся в цитоплазме первого. Последние дали начало различным органоидам. Аргументы в пользу этой точки зрения сводятся к наличию в некоторых органоидах эукариотической клетки (митохондрии, пластиды) собственной ДНК, РНК и рибосом.
Первые многоклеточные животные и растения появились на Земле 700-900 млн. лет назад. У растений возникновение многоклеточного уровня организации, вероятно, произошло на основе дифференциации лентообразных колоний, образовавшихся путем бокового срастания прикрепленных нитчатых форм. У колоний, прикрепленных одним концом к субстрату, различные участки находились в разных условиях по отношению к падающему свету, субстрату и водной среде. В связи с этим естественный отбор благоприятствовал возникновению некоторой дифференциации частей колонии. В результате формировались многоклеточные органы, выполнявшие разные функции (фиксация на субстрате, фотосинтез, размножение).
По вопросу происхождения многоклеточных животных имеется две основные точки зрения. Э. Геккель создал гипотезу гастреи. Он считал, что предками многоклеточных животных были плавающие шарообразные колонии простейших, один полюс которых инвагинировал по направлению к другому, образуя два пласта клеток. Такой гипотетический организм Геккель назвал гастреей, так как по строению он напоминал двуслойный зародыш – гаструлу.
И. И. Мечников доработал теорию Геккеля и создал гипотезу фагоцителлы. Он предположил, что образование слоев происходило не путем инвагинации, а посредством миграции некоторых клеток из однослойной стенки тела внутрь. Эти клетки образовали рыхлое внутреннее скопление (фагоцитобласт), функцией которого стало обеспечение всего организма пищей, включая ее переваривание и распределение, тогда как поверхностный слой клеток осуществлял функции защиты и движения организма. Этот гипотетический организм был назван Мечниковым фагоцителлой.
Основные пути эволюции растений и животных необходимо рассматривать в масштабах геологического времени. Вся история Земли разделена на крупные временные промежутки – геологические эры и периоды. Границы между ними определяются по крупным геологическим преобразованиям, изменениям флоры и фауны.