Плауны содержат ядовитое вещество, которое используется в медицине и ветеринарии. Споры плаунов используются в детской присыпке. Также плауны используются в промышленности (изготовление жёлтой и зелёной красок).
Хвощи используются в медицине. В стеблях хвощей содержится кремнезем, потому раньше они использовались в быту.
Некоторые виды папоротников выращивают для аквариумов. В Японии некоторые употребляются в еду. Из корневищ изготовляют препараты против гельминтов. Также папоротники применяются как источник азота для насыщения им почты на рисовых полях (так как они живут в симбиозе с азотфиксирующими бактериями).