Микроскоп состоит из механической, осветительной и оптической частей.
К механической части микроскопа относятся: подставка штатива (башмак), колонка штатива (тубусодержатель), тубус, предметный столик с клеммами или фиксаторами препарата, сортировочные винты (винты перемещения предметного столика и препарата), револьвер, макро- и микрометрические винты, винт конденсора, рычагирис-диафрагмы,оправа для светофильтров. Сортировочные винты применяются для центровки объекта на препарате. Револьвер состоит из двух сегментов шара, соединенных друг с другом центральным винтом. Верхний сегмент шара крепиться к тубусу. В нижнем сегменте имеются отверстия для вкручивания объективов. Макро- и микрометрические винты обеспечивают грубую и микрометрическую фокусировку (изменяют расстояние между объективом и изучаемым объектом).
Осветительная часть состоит из подвижного зеркала, ирисдиафрагмы, конденсора и светофильтров (матового и синего). Зеркало служит для улавливания света и направления его на препарат (объект). Зеркало имеет две поверхности - плоскую и вогнутую. Плоская поверхность зеркала используется при ярком освещении, вогнутая - при слабом. Диафрагма состоит из системы металлических пластин, которые за счет движения рычага могут сходиться к центру или расходиться. Диафрагма находится под конденсором и служит для изменения ширины светового пучка. Конденсор (система линз) концентрирует рассеянные лучи света в тонкий пучок параллельных лучей и направляет их на объект. Он передвигается специальным винтом вверх — вниз, что позволяет установить оптимальное освещение препарата. Обычное положение конденсора самое верхнее. Светофильтры устраняют дифракцию света. Они располагаются в специальной откидной оправе, находящейся подирис-диафрагмой.Матовый светофильтр используется при рассеянном освещении, синей – при ярком свете.
Оптическая часть состоит из объективов (система линз, обращенная к объекту), которые расположены в гнездах револьвера, и окуляров (система линз, обращенная к глазу исследователя). Окуляры вставляются в верхнее отверстие тубуса. Обычно, микроскопы комплектуются тремя объективами (8х - объектив малого увеличения, 40х - объектив большого увеличения, 90х - иммерсионный объектив). В соответствии с этим на объективе имеется маркировка 8, 40 или 90. На окулярах также имеется маркировка, указывающая кратность их увеличения. Чаще всего используют окуляры с увеличением 7, 10 и 15 раз.