Объясните почему в это предложении ставится запятая , а не дефис Откуда они прилетают и куда улетают, я не знаю.
Уточню, тире, а не дефис. Это сложное предложение с двумя однородными придаточными частями. Для постановки тире тут нет какой-либо причины.