Несмотря на деспотическую политику церкви, среди представителей крестьян и горожан появлялось все больше людей, которые ставили под сомнение верность ее учений. Они обвиняли духовенство в праздности, в отказе от бедности, и в непомерной трате денег. Католическое духовенство молниеносно отреагировало на религиозные бунтарства, и ответила суровыми репрессиями, которые несколько веков будоражили всю Европу.
Для борьбы католической церкви с еретиками была создана Инквизиция – тайный церковный суд, который на основе анонимных доносов, расправлялся с «посланниками дьявола на земле». Судебный процесс сопровождался длительными жестокими, ужасающими пытками и заканчивался смертной казнью человека. Судопроизводство характеризовался отсутствием процедуры следствия. Зачастую судьи и обвинители даже не знали имени подсудимого, а обозначали их, как обвиняемый номер один, номер два, номер три… и т.д. Средневековая инквизиция всегда делегировала светским властям полномочие казнить еретиков, однако всегда контролировала то, чтобы приговор был приведен в исполнение.