Всё зависит от того, какой частью речи является это слово. Оно может быть существительным ТЕЧЕНИЕ и употребляться в разных падежных формах: чего? чему? чем? и др.
Это слово может быть и предлогом. Тогда оно имеет одну-единственную форму: в течениЕ трёх часов, в течениЕ первого полугодия, в течениЕ всего разговора.