В первом случае ребенок удивляется результату в настоящий момент (он вырос на целый миллиметр за год - результат: мальчик подрос, хоть и немного). Во втором случае упор ставится на длительность действия, которое началось в прошлом и которое продолжается в настоящем.
В первом случае употребляется Present Perfect Simple, а во втором Present Perfect Continuous. В первой ситуации нам интересен окончательный результат. Во втором случае нам важен процесс.