У рептилий уже 2 круга кровообращения, т.е. лучше всё разносится по организму;
у рептилий только легочное дыхание и уже появляются бронхи и трахеи, а у амфибий еще могут быть жабры;
у рептилий кожа сухая, влага лучше сохраняется в организме, нежели у амфибий, у которых кожа влажная;
у амфибий развитие связано с водной средой, а у рептилий наземной;
ну и у рептилий уже появляются яйцевые оболочки, много питательных веществ в яйце, а у амфибий соответственно наоборот