1. Она не смогла объяснить интенсивность спектральных линий.
2. Она справедлива только для водородоподобных атомов и не работает для атомов, следующих за ним в таблице Менделеева.
3. Теория Бора логически противоречива: не является ни классической, ни квантовой. В системе двух уравнений, лежащих в её основе, одно — уравнение движения электрона — классическое, другое — уравнение квантования орбит — квантовое.