В 18 веке - Сручной, удобный на обхват и держание, например ловкий топорище.
В наше время - Ловкий инструмент - это тот, который удобно сидит в руке, с ним работа спориться, и заниматься с ним одно удовольствие. Т.е. смысл данного выражения особо не изменился.