Единый налог платится на (доходы - расходы).
Согласно подпункту 14 пункта 3 статьи 346.12 главы
26.2 "Упрощенная система налогообложения" Налогового кодекса Российской
Федерации (далее - Кодекс) не вправе применять упрощенную систему
налогообложения организации, в которых доля непосредственного участия
других организаций составляет более 25 процентов.
Таким образом, можно предположить, что после сделки 17 июня ООО теряет право использования УСН. Таким образом, ООО теряет право применения УСН во втором квартале 2016 г. Это значит, что организации придется заплатить НДС во втором квартале. В этом случае, из подлежащей уплате сумме НДС можно вычесть НДС указанный в счете-фактуре по арендной плате.