The period of Medieval music began in 1000(констатация факта в прошедшем времени)
By 1000 the period of Medieval music had begun. (до/к 1000 этот период УЖЕ начался,показываете действие ,которое предшествовало чему-то в прошлом)
Я не знаю Вашего контекста,по сему мне не видится возможным указать какой-то один вариант.Но из предложенных Вами,не один не является правильным,к сожалению.
В английском языке-"прямой" порядок слов,т.е. подлежащее,сказуемое,определение,дополнение,обстоятельство.Обстоятельство времени может стоять в начале предложение,это допустимо.