Это смотря какие цели преследует проект и сколько финансирования будет дано на его реализацию.
Первый проект намного быстрее осуществить и куда дешевле. Но вода будет загрязненной, особенно если колодец находится в хорошо освоенной области.
Второй - много дороже, но вода будет чистой.
Я бы с точки зрения собственного здоровья выбрала бы второй проект. Но не факт, что на строительство глубокого колодца хватило бы денег.