Патриарх Никон выражал крайнее неудовольствие вмешательством светского правительства в церковное управление. Особенный протест вызвало принятие Соборного уложения 1649 года, умалявшего статус духовенства, ставившего Церковь фактически в подчинение государству В результате вмешательства светского правительства в церковные дела, постоянных интриг со стороны части бояр и духовенства, имевших влияние на царя и враждебно настроенных к патриарху Никону, произошло охлаждение отношений между царём и патриархом. Никон в качестве безмолвного протеста был вынужден оставить кафедру 10 июля 1658 года 12 декабря 1666 года состоялось третье, заключительное по делу Никона, заседание Собора в Благовещенской церкви Чудова монастыря. Царь не пришёл на заседание Собора. Никон был лишён не только патриаршего достоинства, но и епископского сана и сослан в Ферапонтов Белозерский монастырь; после смерти Алексея Михайловича был переведён под более жестокий надзор в Кирилло-Белозерский монастырь.