В произведении — две сюжетные линии, каждая из которых развивается самостоятельно. Действие первой разворачивается в Москве в течение нескольких майских дней (дней весеннего полнолуния) в 30-х гг. XX века, действие же второй происходит тоже в мае, но в городе Ершалаиме (Иерусалиме) почти две тысячи лет тому назад — в самом начале новой эры. Роман построен таким образом, что главы основной сюжетной линии перемежаются главами, составляющими вторую сюжетную линию, причём эти вставные главы являются то главами из романа мастера, то рассказом очевидца событий Воланда.