28 июня 1858 года Шокан Валиханов начал свою первую экспедицию. Его караван состоял из сорока трёх человек, ста одного верблюда и шестидесяти пяти лошадей. Караван прибыл в Кашгар в начале октября 1858 года. В течение своих путешествий он собирал много материала о традициях и обычаях жителей мест, посещаемых им.
Он вернулся в свой родной степной регион, из-за того, что он серьёзно заболел весной 1861 года. Он умер 10 апреля 1865 года в возрасте двадцати девяти лет. Его работы ещё популярны.