На климатические условия Алтайских гор значительное влияние оказывает их географическое положение. Поэтому в горах, расположенных в западной части Алтайского края, ежегодно выпадает большое количество атмосферных осадков. Склоны низких гор юго-востока сухие.
Высотные пояса Алтая на юго-западе, со стороны Зайсанской котловины, начинаются с полупустынной зоны, которая поднимается до высоты 900-1100 м, на северо-западе - со степной зоны, которая поднимается до 1600-1800 м. Горно-лесной пояс распространен на уровне 2100-2300 м, субальпийские луга - на высоте 2500-2600 м, выше 2600 м расположен ледниковый пояс. В лесах растут лиственницы, сосны, ели, кедры и пихты. Альпийские луга в летние месяцы используются для выпаса скота и пчеловодства. Высокогорный пояс представлен горной тундрой, каменистыми скалами и ледниками.
Подножья гор и низкогорья покрыты плодородными черноземами, там распространена растительность степных зон (белый ковыль, типчак и др.), в полупустынных зонах -солянковые растения. В лесах много черной смородины, шиповника, в межгорных долинах - фиолетово-кречетовых трав и др.
На Алтае много животных. В лесах разводят маралов. Из диких животных обитают медведи, кабаны, лоси, горные козлы, снежные барсы. Встречаются и ценные пушные звери - соболь, норка, акклиматизированные водяные крысы, енотовидные собаки, хорьки. Из птиц водятся глухари, рябчики, куропатки, дятлы, горные индейки - улары.
В целях охраны природы - редких зверей и растений Восточного Казахстана - в 1976 году был организован Маркакольский заповедник. Объекты охраны - 58 видов зверей, 260 видов птиц, 4 вида рыб, 721 вид растений.
Восточная часть Казахстана - территория республики с развитым лесным хозяйством. Лес является его основным богатством. Но в последние годы интенсивное использование лесных ресурсов, бесконтрольная вырубка деревьев привели к уменьшению лесных площадей.
На горных лугах пасется скот, развито пчеловодство.