Надо полагать, это связано с теплоотдачей. Площадь поверхности цилиндра меньше, чем параллелепипеда. Значит, отдача тепла в цилиндрическом термосе будет протекать менее интенсивно.
Да и из-за прочности тоже, наверняка - стекло колбы термоса довольно тонкое, а цилиндр куда прочнее параллелепипеда из-за отсутствия углов.