Сходства: Одноклеточное строение, способ передвижения (у многих простейших это, как и у бактерий -- жгутики/реснички), раст. клетки и бактерии имеют клеточную стенку (тут сразу и различие: клеточная стенка бактерий состоит из муреина, а у раст. -- из целлюлозы), бактерии могут питаться автотрофно и гетеротрофно, животные клетки гетеротрофно, а растительные автотрофно. Сине-зеленые бактерии способны к фотосинтезу, как и раст. клетки. Имеюи цитоплазму и мембрану.
Различия: Бактерии не имеют оформленного ядра, они прокариоты. Вместо ядра у них кольцевая молекула ДНК, простейшие -- эукариоты.
Бактерии довольно мелкие, в сравнении с простейшими; у бактерий отсутствуют вакуоли.