В одной из первых и наиболее известных работ — «Последние дни земной жизни Господа нашего Иисуса Христа» (1-й вариант был опубл. в 1828–1830) свт. Иннокентий дал образец применения метода, впоследствии получившего широкое распространение в трудах Ф. У. Фаррара, А.-М. Дидона, Д. К. Гейки, А. Эдерштейма: иллюстрации подробностей евангельской истории данными из всеобщей истории, археологии и др. наук.
При написании труда святитель дал обет совершить путешествие на Синай, в Палестину и на Афон, впоследствии долго не завершал сочинение «по небытию там».
К работе над «Последними днями…» свт. Иннокентий периодически возвращался. Сочинение было переработано в киевском Златоверхом монастыре к 1840 г. и под заглавием «Голгофа, или Последние дни» отдано на просмотр Киевскому митр. Филарету (Амфитеатрову), который высказал ряд замечаний. В Вологде работа была окончена с учетом замечаний. По-видимому, в конце 1841 г. свт. Иннокентий отправил ее на цензуру в С.-Петербург «не более как на пробу», а через некоторое время попросил вернуть ему рукописи: «Хотя в них и нет ничего еретического, но обстоятельства нынешние таковы, что охотники до ересей легко могут найти в них к чему привязаться, а мне уже давно наскучило иметь дело с инквизицией» (Письма к Гавриилу, архиеп. Рязанскому. 1869. С. 47, 50). В начале января 1843 года получил отрицательную рецензию цензора А. Райковского.
В 1856 году святитель послал рукопись архим. Иоанну (Соколову), члену С.-Петербургского цензурного комитета, с просьбой просмотреть ее до официального представления в цензурный комитет. Сочинение было разрешено к печати, корректуру издания свт. Иннокентий просматривал накануне кончины, 25 мая.
«Последние дни…» вышли отдельным изданием уже после смерти автора.