В альпийском поясе встречается беркут. На пролете можно увидеть степного орла, могильника, орлана-белохвоста, балобана. Во время миграции большое количество птиц скапливаются на побережье Байкала. На зимовку в урожайные годы остаются больше птиц, среди них дрозды и сибирская чечевица. Обычно в заповеднике зимуют обыкновенный поползень, буроголовая и сероголовая гаички, кедровка, кукша, дятлы.