Животный мир Ферганской долины сравнительно беден. Довольно часто встречаются ушастый ёж, среднеазиатская черепаха, ящерицы, грызуны, редко — волк, лиса, кабан, барсук, дикобраз.
Из птиц характерны орлы, ястребы, розовые скворцы, удоды, жаворонки, соловьи, иволги, горлицы, щурки, в пойме Сырдарьи — различные виды уток, на склонах гор — горные куропатки. Из рыб в реках обычны сом, маринки, усач, сазан. Из паукообразных встречаются скорпионы, фаланги, тарантулы, каракурты.