Когда речь заходит об охране рептилий, многие не придают ей особого значения.Для них во всем мире создано лишь несколько заповедников.
В Международную Красную книгу исчезающих видов внесёно 26 черепах, 31 вид ящериц, 24 вида змей и 20 видов крокодилов, чьи перспективы тоже довольно плачевны.
В резком сокращении численности многих рептилий и амфибий на всех континентах не без оснований обвиняют кислотные дожди.
Многих рептилий отлавливают торговцы животными. Живой товар из Азии, Южной Америки и Мадагаскара регулярно доставляется в Европу и Северную Америку, где приносит баснословные барыши.
В полной мере разделяя беды земноводных, рептилии имеют ряд собственных проблем. Крокодильи и змеиные кожи являются ценным сырьём для кожевенной индустрии. Варанов, удавов, питонов, гремучих змей и крокодилов десятками тысяч добывают ради их красивой кожи. Сегодня во многих странах этот промысел взят под контроль, однако он малоэффективен, и контрабандная торговля кожами процветает.
Несмотря на суровые охранные меры, местные жители многих тропических стран добывают морских черепах ради мяса и даже на заповедных участках побережья частенько разоряют их кладки с сотнями яиц.