В течение времени - раздельно.
В течении реки - тоже раздельно, только на конце и.
Орфограмма зависит от смысла всего словосочетания. Если в течение - (предлог) то на конце е, а если в течении - (сущ.), то на конце и.
А так, это слово пишется всегда раздельно.