Існують два основних типи запилення: самозапилення (коли рослина запилюється власної пилком) і перехресне запилення. При перехресному запиленні рослини можуть давати два основних типи рослин: однодомні та дводомні.
Розрізняють два типи запилення - самозапилення, або автогамию, і перехресне запилення, або ксеногамию. При самозапиленні рильце запилюється пилком того ж квітки або пилком інших квіток цього самого екземпляра рослини - гейтоногамия (соседственное запилення). Зазвичай самозапилення здійснюється в розпустилися квітках, але іноді воно відбувається і в закритих нерозпустилися квітках. У цьому випадку говорять про клейстогамии. У генетичному відношенні всі ці способи цілком рівноцінні.
Якщо перенесення пилку здійснюється між квітками різних особин, то відбувається перехресне запилення. Вважається, що воно властиве не менше 90% рослин. Перехресне запилення обумовлює обмін генами, підтримує високий рівень гетерозиготності популяцій, визначає єдність і цілісність виду. Це створює широке поле для природного відбору. Суворе самозапилення зустрічається відносно рідко (наприклад, у гороху) і може вести до розщеплення виду на ряд чистих ліній, тобто робить популяції гомозиготними. Іноді це призводить до загасання микроэволюции. У той же час самозапилення сприяє ізоляції знову виникли в результаті мутацій форм, відокремлюючи і фіксуючи їх в чистих лініях. Мабуть, для еволюційного процесу оптимально поєднання самозапилення і перехресного запилення, що найчастіше і має місце в природі. Однак переважає, безсумнівно, перехресне запилення, і тому у квіткових зазвичай є спеціальні пристрої морфологічного і фізіологічного характеру, що запобігають або обмежують самозапилення. Це - двудомность, дихогамия, гетеростилия, самонесовместимость і т. д.