Клёсты могут гнездоваться летом и зимой в зависимости от урожая семян хвойных, чаще гнездование бывает в марте. Одной из ярких особенностей этих птиц, является то, что период гнездования может начаться ещё в зимнее время. Известны снимки самки клеста на гнезде, в раннем марте, когда вокруг ещё сугробы и минусовые температуры. Такая особенность напрямую зависит от обильности урожая еловых и сосновых семян. При их наличии клёсты могут начинать гнездование очень рано.
Птицы строят гнёзда недалеко друг от друга.
При токовании самец занимает верхнюю ветвь дерева, много поёт, издавая при этом свисты вперемежку со скрипами и щебетанием, бегая и кружась.
Гнездо строит самка в густых еловых ветвях, используя снаружи тонкие веточки и выстилая внутри мхом, шерстью и перьями. В кладке бывает 3—5 голубоватых яиц с бурыми пятнами. Самка насиживает яйца в течение двух недель.
После вылупления птенцы остаются в гнезде ещё две недели. Слётки (не умеющие летать птенцы) долго докармливаются родителями.