Являются важным компонентом пищевых цепей. Растительные жгутиконосцы
являются производителями органического вещества за счет фотосинтеза, а
животные жгутиконосцы – консументы (потребители органики), а также
способствуют разложению органических веществ до минеральных. Многие
жгутиконосцы являются важным компонентом планктона и служат пищей для
более крупных водных организмов.
Являются важными симбионтами ряда животных. Так, у термитов в
пищеварительном тракте обитают жгутиконосцы, помогающие им разлагать
клетчатку.