Принял Судебник, отверг секуляризационные планы правительства, но ограничил дальнейшее приращение церковных владений в городах и финансовые привилегии духовенства; решения, сведённые в сто глав, в литературе имеют название Стоглава.
Царь представил собору также новый Судебник и уставные грамоты, просил прочесть их и рассудить и, если дело будет признано достойным, скрепить их подписями для хранения в казне. Царь говорил, между прочим, на соборе, что его бояре и вельможи впали во многие корысти и хищения, называл их лихоимцами, хищниками, творящими неправедный суд; но в то же время он признал, что всех обид и разорений, происшедших от бессудства и лихоимания властей, исправить невозможно, и просил оставить «друг другу вражды и тяготы». На Стоглавом соборе царь подтвердил, что он предписал боярам «помиритися на срок» по всем делам «со всеми христианы» своего царства[3].
Некоторые решения Собора, касающиеся обрядов, были отменены Московским Собором 1667 года, наложившим проклятия и на сами обряды и догматы, и на придерживающихся их: двоеперстие, двугубую аллилуйю и пр.