Правило с "is" и "are" довольно простое.
"is" используется со словами в единственном числе, а "are" используется со словами во множественном числе.
В данном случае, будет правильно так:
1)The boy IS at school. 2)The girls ARE at school.
Так как, в предложении 1 "boy" (мальчик) один, значит как и по правилу мы пишем "is".
Так как, в предложении 2 "girls" (девочки) не одна, а какое-либо число, значит как и по правилу мы пишем "are".