Вообще, идея строительства троянского коня пришла Одиссею - "хитрейшему из вождей данайцев". В коне помимо Одиссея сидели Менелай, Диомед, Сфенел, Акамант, Неоптолем и другие. Есть множество разных оценок того, как много воинов сидело внутри. Но Малая Илиада говорит о 50 воинах.
Поэтому учитывая тот факт, что Одиссей был вождем и это его хитрый план, он и был командиром воинов, которые сидели внутри вместе с ним.