К настоящему времени описано около десяти тысяч видов
бактерий и предполагается, что их существует свыше миллиона, однако
само применение понятия вида к бактериям сопряжено с рядом трудностей.
До конца 1970-х годов термин «бактерия» был синонимом прокариотов, но в 1977 году на основании данных молекулярной биологии прокариоты были разделены на домены археобактерий и эубактерий. Впоследствии, чтобы подчеркнуть различия между ними, они были переименованы в архей и бактерий соответственно. Хотя до сих пор под бактериями часто понимают всех прокариотов,
в данной статье описаны лишь эубактерии. Однако, эти две группы схожи, и
многие положения статьи справедливы также для архей — в подобных
случаях используется термин «прокариоты» или сочетание «бактерии и
археи».
В экологических
и микробиоценотических исследованиях под бактериями часто понимают лишь
нефотосинтезирующие немицелиальные прокариоты, противопоставляя их по
функциям актиномицетам и цианобактериям